少なくとも，私の環境 Mac OS X 10.8.1 では，Rstudio 0.96.330 は，日本語入力においてユーザにストレスを感じさせる（入力中，全く入力状況が表示されない） 。とても，まともに使うことはできない。 偶然（？）発見した少しはましなやり方は， 1. 外部エ…

不十分ではあるが，http://rpubs.com/r-de-r/1373 にまとめた

原因は，Xcode 4.4 になったが，デフォルトのインストールでは Command line tools がインストールされていなかった。 Command line tools は， Downloading this package will install copies of the core command line tools and system headers into syst…

「バク＝スネッペンのゲーム」 こんな感じになるのかな? n <- 100limit <- 2/3x <- runif(n+2, 0, 1)repeat { xmin <- which.min(x[2:(n+1)]) if (x[xmin+1] >= limit) break x[xmin:(xmin +2)] <- runif(3)}z <- numeric(n)for (i in 1:n) { y <- 0 xmin <-…

「バク＝スネッペンのゲーム」は，ちゃんとプログラムできていない。プログラムの仕様（ゲームのルール）がよく分からないので，書き直しできないなあ。# 種の数n <- 100x <- runif(n, 0, 1)z <- numeric(0)# すべてを2/3以上にする操作repeat { x[0] <- 1 #…

「R で特定の値の行や列を見つける方法」で，match 関数が挙げられている。後半に which.max, which.min が挙げられているのになぜ，which に言及されていないのか？ まず，ベンチマークテスト > a <- 1:1e6> library(rbenchmark)> benchmark(which(a == 1e4…

前の記事（元記事も）での religion = unknown の記号の色が gray で，バックグラウンドの色と近くて，目に入りにくいということもあるし，プログラムがごちゃごちゃしているので religion 別の散布図を描いた方がよさそう。 ということで，描いてみた。シン…

"Getting data from GapMinder.org" のグラフについて 当初は，このグラフ（図1）を見て，「記号の大きさが人口に比例していないなあ。困ったものだ」と思っていた。おまけに，記号の大きさは人口そのままではなく，log(人口+1e7) になっている。 図1 ggplot…

「haploid から diploidへの座標変換」 の，「座標で表す」の項だけど，むちゃくちゃしますね。びっくりします。ほんとに。p1 <- c(0.3,0.7)p2 <- c(0.4,0.6)f <- 0.6 # r^2の値# 連鎖平衡の下でのハプロタイプ頻度h.LE <- p1 %*% t(p2)# 連鎖不平衡の下での…

Rでフィボナッチ数！ http://d.hatena.ne.jp/mickey24/20080914/1221334119syou6162先生が一行でやってくれました http://d.hatena.ne.jp/mickey24/20080914/1221334177Rでフィボナッチ数！(動的計画法版) http://d.hatena.ne.jp/mickey24/20080914/12213362…

C.P. ロバート， G. カセーラ 著石田基広，石田和枝R によるモンテカルロ法入門 23ページに，「lm() 関数は（中略）意外なことに標準誤差の推定値がリスト要素として含まれておらず（中略）このすうちそのものは次のようにして求める必要があります」 これは…

barplot 関数は，描いた棒の中心 x 座標を返す。 座標軸，目盛り等を描くときにはそれを用いればよい。 > x <- dbinom(0:6, 6, 0.1)> a <- barplot(x)> str(a) num [1:7, 1] 0.7 1.9 3.1 4.3 5.5 6.7 7.9> axis(1, a, 0:6)

驚くべきことに（??） w <- matrix(a, 2)[2,]は v <- a[1:(n%/%2)*2L] # 最速！！と同じくらいに速い。

「kingqwertの覚書」 の http://d.hatena.ne.jp/kingqwert/2012-08-22 の項http://d.hatena.ne.jp/kingqwert/20120822「リサイクル規則をうまく使う方法」を挙げてあるが，そんなに良い方法ではない。内部では結局の所リサイクル処理をしているので，1:(n%/%…

「高校数学でわかる統計学」の「第1章 サイは投げられた！（期待値と分散）」 において，乱数は纏めて発生させる。そうすれば for ループを使う必要もない。両方併せると，実行時間に大きな違いが出る（もっとも，100000 × 2 個発生させて 1 秒なんだから，…

「楽しい 統計学セミナー - 証拠を科学する方法 -」の「第3講」 においてサイコロを6回振って，6の目が出る「確率分布図」を描いてみる． ：X軸のラベルを確率変数Xと合わせることができない・・・ といっているが...この項は，前の記事に既に解があるが...x …

「楽しい 統計学セミナー - 証拠を科学する方法 -」の「第2講」 において試行回数 N=10～100 に対する二項分布の確率関数をx <- numeric(91)for (i in 10:100) { x[i - 9] <- choose(i, 3) * (1/10)^(3) * (1- (1/10))^(i - 3)}plot(x)abline(v = 20.5, col=…

「楽しい 統計学セミナー - 証拠を科学する方法 -」の「第1講」 において，当初目指していた「（問題）サイコロを6回投げたとき，6の目が1回だけ出る確率は？ 」であるが，これは，生起確率が 1/6 である事象が 6 回の施行中に 1 回だけ起きるということで，…

「楽しい 統計学セミナー - 証拠を科学する方法 -」の「第1講」 において，シミュレーションプログラムが掲示されているがsystem.time({set.seed(12345) # 乱数の初期値を設定しておこうn <- 10000 # プログラムの中で何回も出てくる数値は変数に代入してお…

久保さんのページ 2012/08/21 で，研究会の発表で使ったスライドが掲示されているけど，Z得点は，(観察値-μ)/σ だと思うよ。逆にしたら符号が逆になる。

"Performing multiple t-tests on different variables between the same two groups" で，ラッパーを紹介しているが 余り頻繁に使わないラッパーだと，ラッパーの使い方自体忘れたりして，そのたびに思い出すためにソースを見たり（メモを見たり）というこ…

ggplot2 の geom_bar の作図例で "Stacked bar charts" の凡例とグラフの順序が逆。色使いも下品だが。 ggplot(diamonds, aes(clarity, fill=cut)) + geom_bar() 普通に barplot で描いてみよう。ちゃんと順序がそろう。 ans <- xtabs(~cut+clarity, diamond…

「sample関数で順列を作り出してみる」で # いびつなサイコロを1000回投げて，出る目の傾向を調べてみる．x <- numeric(1000)for (i in 1:1000){ x[i] <- sample(x=1:6, size=1, replace=FALSE, prob=c(1,2,3,3,2,1)) # 3と4の目が出やすいサイコロ． }これ…

「sample関数で順列を作り出してみる」で， > いびつなサイコロを1000回投げて，出る目の傾向を調べてみる :> あれれ・・・，出た目1と2のバーの間に隙間がない・・・？ その前に，1の棒は1の目盛りの右にあり，2の棒は2の目盛りの左にあるというおかしな状…

「ggplot2 bar_plot with label」で， 「エクセル脳の皆さんに贈る」などといっているが，あなたこそ「ggplot脳」なのでは？ 提示されたグラフは統計学的には不適切きわまりない。不適切なグラフに，どんなラベルを付けようが，不適切なグラフが適切なグラフ…

「TokyoR25」にて，library(compiler) の威力を見せつけようと？？しているようだが，compile したときとしないときの比較ではなくて，単に標準誤差はサンプルサイズの平方根に反比例するという統計学上の当たり前の話をなぞっているだけのような。 ここでも…

そもそも，この種の問題を解くのに，ブルート・フォースを使うのは良くない。 問題をよく考えれば，理論的な解がちゃんと存在するし，そこまで行かなくても，コンピュータ・パワーを利用すると瞬殺の答えが得られる。 以下のようなプログラムを書くと，n=10 …

「dice」にて， > サイコロ３個ふって出目をカウント > ６進法を使ってみた。 最後に > サイコロ10個振ると？ とあるが，質問しているのか，挑戦しているのか， 少なくとも，掲載されているプログラムでは時間が掛かってやる気が起きない。n <- 8dice <- fun…

「mandelbrot set」に，以下のようなプログラムが掲載されている。 mandelbrot <- function(step = 0.1, pch = 19, col = 30, n = 2) { a <- outer(seq(-2, 1, step), seq(-1, 1, step), function(x, y) complex(r = x, i = y)) a <<- a[Mod(a) <= 2] #絶対…

「円を描く」にて t <- seq(0, 2, pi/1000) * pix <- cos(t)y <- sin(t)plot(x, y, type = "l", asp = 1) などと書いているが， なんで，t <- seq(0, 2, pi/1000) * pi なのだろうか？意味不明である。引数か何か誤解があるのでは？ それに，描かれた円は，…